כל מי אשר חושב על טיפול הסרת שיער חייב לחשוב גם על תופעות הלוואי. נראה כי תעשיית הסרת שיער מונעת כמובן כמו כל תעשייה אחרת על ידי כוחות שוק שמתחשבים בעיקר בשיקולים כלכליים, אלו כמובן לא מדברים על השלכות של טיפולי הסרת שיער וזאת כמובן בשביל לא להרחיק לקוחות פוטנציאלים. אך אנו כרוכשים פוטנציאלים וצרכנים אחראיים צריכים לתת את הדעת על נושאים ואלו, של תחום שהינו תחום חדש יחסית. הסרת שיער נפוצה רק בשנים האחרונות ולמעשה אין שום מחקר ארוך טווח ומרובה משתתפים שיודע ללמד בנוגע לכל התופעות של הסרת שיער.

לא משנה מהו סוג הלייזר המשמש אותנו להסרת ציער, סביר להניח שאחרי טיפול הסרת שיער אנו נראה יותר פיגמנטציה על העור כתוצאה מטיפול זה וזאת בעקבות החשיפה ללייזר. 
בדרך כלל תופעה זו שכיחה יותר בקרב בעלי עור כהה.

עור אדום עלול להופיע לאחר טיפול הסרת שיער בלייזר וזאת כתוצאה מחשיפה ממושכת לקרני הלייזר שבסופו של דבר אמורות לשרוף וכך להרוס את שורש השערה. האדמה זו היא תופעה קלה יחסית כיוון שברוב המקרים היא חולפת כעבור זמן קצר. אפשר לטפל באזורים האדומים באמצעות קור בשביל להרגיע את האזור אבל אפשר גם להימנע מכך לגמרי על ידי עבודה נכונה עם מכשיר הלייזר בעת הסרת השיער.

הופעת בועות על העור גם היא יכולה להיות תופעת לוואי של ניתוח להסרת שיער וזאת כתוצאה מהחום של קרן הלייזר שמחממת את העור בין היתר. היום נמנעים מתופעה זו על ידי ג''לים ושיטות שונות לקירור העור המטופל. בתחילת ימי טיפולי הסרת שיער תופעה זו למשל הייתה תופעה שטרם התמודדו איתה כמו שצריך.

צלקות גם הן בעבר היו לתופעות לוואי נפוצות של ניתוח הסרת שיער ואילו היום המכשירים החדישים יודעים להימנע מתופעה זו כליל.

תופעות לוואי אלו ועוד אינם מסוקרות על ידי מכוני קוסמטיקה שונים המציעים את הטיפול המבוקש כל כך , אלו כמובן לא מדברים על כל אלו בשביל לא להרחיק לקוחות, אבל את אלו קל לדעת על בסיס מחקר מאוד פשוט באינטרנט נאמר. אבל מה עם אותן השפעות שטרם ידועות לעולם תופעות שעלולות לצוץ רק בגיל מתקדם יותר ובכל אופן העולם לא מבצע שנים רבות כל כך את טיפול הסרת שיער ועל כן גם לא מצויים לנו המחקרים הרלוונטים כיאה לטיפול מן הסוג הזה. למעשה מדובר כאן על מחקרים מרובי משתתפים שנערכים לאורך שנים רבות ויודעים להגיד האם בשורה הסופית יש סכנה או שאין כל סכנה בניתוח הסרת שיער בלייזר.